Pourtant t'as l'air bien persuadé par cette histoire de lys rouge, d'archange et de médium, pour un St Thomas...

Vraiment étrange, en effet. En plus, tu dis que le chien a réagit. C'est bien connu que certains animaux (chats et chiens du moins) sentent des choses que nous ne pouvons sentir ou voir. Il sont capables de sentir des présences à l'intérieur d'un logement, alors qu'il n'y a personne d'autre que nous.
Par contre pour la marque sur le bois, je ne suis pas experte en bois, mais peut-être qu'une fois coupé, certains types de bois réagissent en laissant s'échapper une sorte de liquide colorant (la sève pourrait-elle le faire?). Mais un spécialiste du bois, comme un menuisier par exemple, pourrait aussi vous renseigner à ce sujet, ta compagne et toi.

Si il y a personne d'autre, ils sentent la présence de qui /quoi?

De fait, les chiens ont un odorat beaucoup plus développé que nous. Leur vision n'est pas là même, et au niveau de l'ouïe, ils entendent les ultra sons.
Je pense que ça peut suffire pour comprendre qu'un chien réagit à quelque chose que nous ne pouvons percevoir sans aller chercher de cause irrationnelle, non ?